O esoterismo cristão é matéria de difícil tratamento, pois, embora o cristianismo tenha surgido em ambiente largamente dominado pelo espírito esotérico, encaminhou-se progressivamente para a superação das comunidades iniciáticas pela afirmação de uma nova comunidade aberta a todos os homens.
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Os manuscritos de Qumrã, do século I, relacionados com a seita dos Essênios — que se chamavam filhos da luz, definiam sua doutrina como nova aliança, viviam vida cenobita às margens do mar Morto e admitiam hierarquia de afiliados com iniciados no vértice —, foram invocados por alguns estudiosos como provas indiretas de um esoterismo cristão das origens.
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Foi em Alexandria que se deu o encontro do cristianismo com o hermetismo, alimentando a proposta renovada de uma instância esotérica no desenvolvimento da tradição cristã.
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Antes de Constantino, o esoterismo representava para o cristianismo a influência do ambiente helenístico; depois de Constantino e da transformação do cristianismo em religião do império, tornou-se também tentativa de recuperar o espírito de perfeição da nova religião contra os perigos de sua socialização e adaptação à vida comum.
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A experiência dos anacoretas cristãos que, a partir do século IV, se retiraram para eremitérios do Egito e da Capadócia foi interpretada por alguns como manifestação de esoterismo cristão.
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O espírito esotérico afirma-se na história do cristianismo sempre que se sente a necessidade de distanciamento da socialização vulgar da religião, seja na busca de uma experiência comum na raiz de tradições eclesiásticas opostas, seja na promoção de renovação radical na relação entre fiéis e hierarquia e na própria estrutura da Igreja.
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A Ordem dos Templários, fundada em 1119 entre a Primeira e a Segunda Cruzadas, parece ter tido caracterização esotérica, tentando superar, pelo recurso à iniciação cavalheiresca, contrastes religiosos entre cristianismo, hebraísmo e islamismo.