Os adversários de Trithemius, Bovillus, Wier e Del Rio, tomaram a Steganographia por um manual de magia demoníaca perigosa e não fizeram nenhuma tentativa de interpretá-la como tratado criptográfico, enquanto o próprio Trithemius, na prefácio da obra, em cartas e numa Apologia dirigida contra Bovillus, negou enfaticamente que o livro versasse sobre magia demoníaca ou qualquer coisa incompatível com a piedade cristã, sustentando que as invocações eram apenas um disfarce para preservar segredos importantes do vulgo.
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Os defensores de Trithemius nos séculos XVI e XVII afirmavam que a obra não tratava de nada além de códigos cifrados ou outros meios inocentes de transmissão secreta de mensagens.
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A posição defensiva de Trithemius foi sustentada de forma reiterada em múltiplos contextos.
É indiscutível que os dois primeiros livros da Steganographia tratam efetivamente de criptografia e que os anjos e espíritos podem ser explicados de modo satisfatório como descrições dos métodos de codificação cifrada, conforme demonstrado detalhadamente pelo criptógrafo alemão W. E. Heidel numa defesa do século XVII.
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O terceiro livro, inacabado, não contém nenhum exemplo de mensagem cifrada como os dois anteriores.
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No terceiro livro, instrui-se pronunciar a mensagem sobre a imagem de um anjo planetário em momento determinado por cálculos astrológicos complexos, o que torna improvável que se trate de indicações disfarçadas de ciframento.
A imagem do anjo é descrita com exatidão, sem necessidade de ser bela desde que reconhecível como figura humana; uma breve invocação encerra-se com as palavras In nomine patris et filii et spiritus sancti, Amen; a imagem deve ser embrulhada com a imagem do destinatário e enterrada sob um limiar, e a mensagem será transmitida ao destinatário em vinte e quatro horas, sem palavras, escrita ou mensageiro.
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Pelo mesmo meio, é possível aprender tudo o que se deseja saber sobre o destinatário.
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A fórmula final afirma que tudo o que acontece no mundo pode ser conhecido, uma vez observada a constelação, por essa arte.
Gaspar Schott e Heidel, defensores posteriores de Trithemius que pretendiam isentá-lo de qualquer prática mágica, são incapazes de sugerir uma interpretação criptográfica do terceiro livro da Steganographia e concordam, com razão, que ele descreve um método de transmissão de mensagens mencionado por Agrippa, que passou algum tempo com Trithemius no mosteiro discutindo as ciências ocultas e cujo De Occulta Philosophia foi calorosa e elogiosamente citado por Trithemius.
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No capítulo do De Occulta Philosophia sobre o ar, ao qual Agrippa atribui a maioria das propriedades habitualmente conferidas ao espírito, ele afirma que as formas das coisas podem receber no ar uma impressão do céu e ser transmitidas aos sentidos de um destinatário preciso de modo natural, sem superstição e sem a mediação de qualquer espírito.
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Agrippa declara que conhecia esse método, o havia praticado com frequência e que Trithemius também o conhecia e praticava.
A crença de que a comunicação telepática podia realizar-se pelo espírito humano transmitido no ar era corrente, e no método descrito o espírito marcado com os pensamentos do remetente é direcionado ao destinatário por meio de uma operação astrológica; a negação por Agrippa da intervenção de qualquer outro espírito pode significar que a mensagem não é transmitida por um espírito planetário, mas recebe do céu apenas sua impressão diretora, o que não excluiria a necessidade da ajuda de um anjo planetário na operação.
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A distinção entre transmissão pelo espírito humano e intervenção de espírito planetário era sutil e potencialmente ilusória.
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A operação astrológica servia de mecanismo de direcionamento preciso do espírito ao destinatário pretendido.
A Steganographia de Trithemius é em parte um tratado de criptografia em que os métodos de ciframento estão disfarçados de magia demoníaca, mas seria altamente improvável que Trithemius, já suspeito de magia negra, tivesse escolhido um disfarce tão perigoso apenas para proteger um tratado de codificação; por outro lado, se desejava descrever operações com anjos planetários, a parte criptográfica lhe fornecia um álibi convincente.
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As protestações de Trithemius de que não pregava invocações a demônios nem nada contrário à piedade cristã não eram necessariamente mentiras puras e simples.
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Tanto em astrologia quanto em magia, a prática própria é sempre considerada boa e piedosa, enquanto a dos outros é tida por má e diabólica.
Não há nada necessariamente heterodoxo em dirigir preces a anjos, planetários ou não, autoridade que poderia ser respaldada por Tomás de Aquino, nem em esperar que eles prestem alguma ajuda; o perigo reside na dificuldade de distinguir os bons anjos dos demônios enganadores.
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A magia astrológica de Trithemius não era apenas uma forma de telepatia, mas também um meio de adquirir conhecimento universal sobre tudo o que acontece no mundo.
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O tema remete à oração a Júpiter de Pietro d'Abano, que, segundo a tradição, acelerou consideravelmente seu progresso científico.