No que se refere à alquimia, já na introdução se salienta o erro dos historiadores da ciência, alguns dos quais quiseram reduzir a mesma alquimia a uma química em estado infantil e mitológico.
Contra esta ideia são bem explícitas as exortações dos mais importantes autores herméticos, não devendo no entanto interpretar-se ao pé da letra as suas palavras, porque todas estão escritas numa linguagem cifrada, a um modo de exprimir-se por símbolos e alegorias.
Estes mesmos autores têm insistido insaciavelmente em que «o objecto da nossa preciosa arte é desconhecido»; em que as operações a que se referem não se realizam com as mãos; em que os seus «elementos» são invisíveis e não aqueles que toda a gente conhece. Por outro lado, são eles próprios que alcunham de «assopradores» e «queimadores de carvão» que «arruinaram a Ciência» e de cujas manipulações «não se deve esperar senão fumo», todos os alquimistas ingênuos que na sua incompreensão se entregaram a experiencias do gênero daquelas que os modernos julgam terem sido as da ciência hermética. Aqueles outros autores sempre anunciaram, no respeitante à Obra, condições éticas e espirituais, e, ao referirem-se ao sentido vivo da natureza, o seu mundo ideal apresenta-se inseparável daquele — de modo algum o «químico» — que é o do gnosticismo, do neoplatonismo, da Cabala e da teurgia. Deste modo, através de meias palavras, deram a entender, «a quem possa entender», por exemplo: que o Enxofre alquímico representa a vontade: (Basílio Valentim e Dom Pernety); que o «fumo» é «a alma separada do corpo» (Geber); que na «virilidade» se revela o mistério do «Arsênico» (Zósimo); e assim por diante. Desta forma, através de uma variedade desconcertante de símbolos, os «Filhos de Hermes» conseguem dizer todos o mesmo e repetir orgulhosamente o quod ubique, quod ab ómnibus et quod semperi. O objectivo real sobre que gravita este conhecimento único, esta tradição que reivindica para si caracteres de universalidade e de primordialidade, é-nos declarado por Jacob Boehme: «Não há diferença alguma entre o nascimento eterno, a reintegração e a descoberta da Pedra Filosofal.»