O conceito fundamental da filosofia de Boehme era a vida. Ele herdou essa ênfase dos alquimistas, cujas categorias de ciência eram biológicas. Os filósofos herméticos viam a natureza como um todo vivo, composto de partes organicamente relacionadas. Esse organismo era intensamente vivo em seu coração, embora totalmente morto em sua periferia. Boehme fez mais do que tomar emprestada grande parte de seu vocabulário da alquimia, assumiu a visão de mundo alquimista que desenvolveu em um sistema filosófico. Seu universo era permeado por forças vivas cujos aspectos externos escondiam e revelavam a essência vital interna.
Há algum significado no fato de que o conceito de vida foi fundamental nessa era de transição do pensamento medieval para o moderno. Na Santíssima Trindade, que era considerada como energia o Pai, ideia o Filho e vida o Espírito Santo, a vida aparece como intermediária entre a energia e a ideia. A Idade Média foi fortemente influenciada pelo pensamento platônico e aristotélico, no qual a ideia era o conceito fundamental. O universo era, portanto, considerado como movido por seu objetivo, ou seja, por causas que operavam de dentro para fora. Nos séculos XVII, XVIII e XIX, sob a influência da ciência quantitativa de Galileu e Newton, os conceitos de matéria e energia tornaram-se fundamentais. O universo era então considerado como composto totalmente de substâncias inertes movidas por forças externas. Acreditava-se que a vida era um mecanismo complicado e a mente uma miragem inútil e inexplicável. De acordo com essa visão, a matéria e o movimento são as únicas realidades, e o universo é, portanto, movido apenas por causas que operam por trás.
Mas entre a visão de mundo platônica de um universo cujo princípio unificador era o puro intelecto e a visão de mundo newtoniana de um universo unificado por um substrato comum de matéria que se move de acordo com leis fixas, surgiram as chamadas pseudociências do final da Idade Média e da Renascença. Essas ciências fizeram da vida o princípio unificador. A vida não é nem mente nem matéria, mas aparentemente possui características de ambas. Assim, a vida tornou-se um conceito útil em uma época em que a ciência estava passando do racionalismo para o empirismo. Nas ciências filosófico-empíricas da Renascença, o universo não é movido nem pela frente nem por trás, mas por dentro. Essa ciência não é nem idealista nem materialista, mas vitalista. Concebe o universo como organicamente relacionado em um único todo vivo. Essa terceira visão de mundo tem sido muito negligenciada tanto pelos historiadores da filosofia quanto pelos historiadores da ciência. Foi negligenciada pelos filósofos por ser muito científica e pelos cientistas por ser muito filosófica. No entanto, tem um significado histórico peculiar. Boehme é seu maior expositor. Em uma época de transição, foi um filósofo da vida. Agora, após um intervalo de trezentos anos, o pêndulo do pensamento científico parece estar voltando à sua posição anterior. A filosofia que está crescendo no século XX em conexão com a nova física parece apresentar os elementos de uma visão de mundo orgânica, que tem pelo menos uma semelhança familiar com as concepções de ciência do século XVI. Ainda é muito cedo para profetizar com muita segurança a direção em que a física de hoje levará a filosofia, mas certas tendências já estão bastante claras. A tentativa de explicar a vida em termos de mecânica está sendo suplantada por uma tentativa de explicar a mecânica em termos de vida. Será que Jacob Boehme, o principal filósofo de uma era anterior de transição, tomará seu lugar como um verdadeiro profeta de nossa atual época de transição?
A filosofia de Boehme não foi afetada pelas teorias mecanicistas. Na mesma época em que escrevia seus livros, Galileu, Kepler e Bacon estavam lançando as bases da ciência moderna. Nenhuma dessas novas concepções, no entanto, penetrou na casa do sapateiro em Görlitz. Jacob Boehme foi naturalmente compelido a trabalhar com os materiais disponíveis. Eles foram fornecidos pela pseudociência da alquimia. Esse fato pode parecer desacreditá-lo, pois a alquimia, apesar dos esforços sinceros e prodigiosos, muitas vezes se degenerava nos absurdos mais selvagens e na fraude mais palpável. Boehme não estava totalmente livre do absurdo alquímico, mas em geral repudiava a parte da alquimia que hoje sabemos ser falsa. Manteve e valorizou a parte que, em muitos aspectos, tem um tom estranhamente moderno.