Essa distinção radical entre individualidade factícia e identidade real, e o corolário de que tudo, em última análise, tem a essência do Si único e não é realmente distinto dele, por sua vez, levanta várias questões difíceis.
Porque se a consciência absoluta constitui a totalidade do ser, e se, consequentemente, nada realmente se opõe ao Si como seu Outro, como é que essa consciência absoluta passa a aparecer como o que ela não é — como outra precisamente? Como ela pode se alienar tomando-se para um sujeito espacial e temporalmente limitado, se não há Outro para enganá-la, para mascarar sua verdadeira identidade? Como é que, ao individualizar-se assim no sujeito empírico, ela apreende coisas e pessoas como existindo fora dela e independentemente dela, em uma relação de alteridade necessariamente artificial? E se essa relação de alteridade é necessariamente fictícia, como explicar as relações intersubjetivas que estão na base da existência mundana e como explicar a especificidade da experiência pela qual reconhecemos os outros não como um objeto simples no mundo, mas como outro assunto, como um alter ego? Mesmo que a alteridade apareça, os Pratyabhijñā devem explicar essa aparência, explicar sua gênese e seus mecanismos — é a análise dessas explicações que é dedicada aos capítulos 7 e 8 deste estudo.
De maneira mais geral, é o status ontológico da diferença que se torna problemático em uma doutrina segundo a qual a totalidade da realidade é constituída por uma consciência (eka) e permanente (nitya). Pois dizer que essa consciência é uma e permanente não significa dizer que é sem diferença (abheda)? E o que fazer com a diferença (bheda) que experimentamos constantemente no mundo, se o mundo não é nada além de consciência? O que fazer com a variedade (vaicitrya) que constitui o universo fenomenal, se o universo é apenas a manifestação do Si único? Se existe apenas uma consciência eternamente idêntica a si mesma, um bloco de ser absolutamente indiferenciado, sem qualquer rachadura da qual a diferença possa escapar, de onde poderia muito bem surgir?
O budismo resolve o universo em pura alteridade, afirmando que tudo o que existe é destruído no exato momento em que surge, porque imediatamente se torna outro; mas Pratyabhijñā, ao afirmar que tudo é o Si e que o Outro é apenas aparência, parece condenado, como Advaita Vedānta, a dissolver o universo em uma identidade pura da qual toda diferença se encontra imediatamente excluída como uma ilusão inexplicável. Utpaladeva e Abhinavagupta, desenvolvendo de forma conceitual uma intuição já presente no agama, esforçam-se para escapar dessa alternativa entre um universo budista onde as coisas se desmoronam perpetuamente na dispersão de suas diferenças absolutas e um universo advaita-vedântico onde o ser absolutamente indiferenciado permanece congelado em sua imutabilidade. Para fazer isso, eles se esforçam para distinguir a identidade ou o ser-Si (ātmatā) da não-diferença simples (abheda) e afirmam que a natureza do Si é capaz de incluir a diferença, bem como sua ausência. Mas em que consiste a identidade, se não na ausência de diferença? E como o Si pode conter a diferença sem explodir em uma multiplicidade de entidades estranhas umas às outras?