Eusébio de Doryleum, um leigo, liderou inicialmente o ataque contra Nestor, que teve continuidade com São Cirilo de Alexandria, que em 430 persuadiu um sínodo romano a denunciar as ideias de Nestor, o que obrigou o imperador Teodósio II a convocar um sínodo para resolver a questão. Esse concílio reuniu-se em Éfeso em 431, mas Nestor recusou-se a comparecer quando São Cirilo assumiu a presidência como legado do papa Clemente I. O concílio estabeleceu que o ser (physis) do Verbo não tinha sofrido qualquer mudança ao fazer-se carne; as duas naturezas estavam juntas numa verdadeira união; suas diferenças não foram suprimidas mas o encontro de divindade e humanidade produziu um único Cristo; o Verbo não estava unido à pessoa de um homem, mas convertera-se em carne. O concílio declarou Nestor herético e ele foi demitido de seu cargo por Teodósio, que decretou ainda a queima de todas as obras nestorianas.
Enquanto esteve banido, Nestor escreveu sua apologia, o Bazar de Heráclides, esclarecendo sua posição e retrocedendo na direção da ortodoxia. Outros desenvolveram e ampliaram seus pontos de vista, ajudando a produzir o cisma da Igreja nestoriana. Sua base popular nas estratégicas Síria e Pérsia, que obtiveram um êxito apenas marginal, garantiram numerosas tentativas para acomodar a posição de seus adeptos. Os nestorianos floresceram e expandiram-se, e resistiram mais tarde a muitas e implacáveis perseguições dos mongóis e dos turcos. Algumas Igrejas nestorianas retornaram à comunhão romana no século XV, enquanto outras persistem até hoje. (DIM)