A fundação da Inquisição papal pode ser diretamente atribuída ao papa Gregório IX que, em sua bula Excommunicamus, estipulou procedimentos pelos quais inquisidores profissionais seriam enviados para localizar hereges e persuadi-los a se retratarem. A bula foi publicada em 1231 e nos anos seguintes a tarefa de interrogar aqueles acusados de heresia foi confiada às Ordens Mendicantes, sobretudo aos dominicanos.
As ações de Gregório IX ocorreram ao final de um longo período de lutas contra a heresia por parte da Igreja institucionalizada. Vários decretos papais e conciliares (1139, 1179, 1184 e 1199) tentaram regulamentar a detecção de heresia e impedir seu crescimento através da instituição de inquisições episcopais. O papa Lúcio III, em 1184, obteve a ajuda do imperador Frederico Barba-Ruiva para instalar inquisições episcopais regulares, e convém lembrar que a alternativa era, com frequência, a gritante selvageria da violência popular e do linchamento. A situação na Europa ocidental era ainda mais complicada pela popularidade dos valdenses e cátaros no sul da França e a resultante Cruzada contra os albigenses. O papa Inocêncio III esteve especialmente empenhado em combater a heresia pela persuasão e a pregação, e é um dos paradoxos de seu excepcionalmente rico e complexo pontificado que algumas das piores atrocidades do movimento contra os albigenses tenham ocorrido em seu tempo.
Gregório IX tentou introduzir um certo grau de racionalidade legal nos procedimentos inquisitoriais: seriam instalados tribunais presididos por dois juizes locais nomeados pelo papa; os processos exigiam o depoimento de duas testemunhas que permaneciam no anonimato e não podiam ser diretamente impugnadas; o suspeito fazia seu depoimento sob juramento. Em 1252, Inocêncio IV permitiu o uso de tortura para obter uma confissão. Se a confissão era feita, o indivíduo podia ab-jurar e recebia uma penitência canônica; se ele se mantivesse relapso, era entregue ao poder secular que habitualmente executava os hereges na fogueira.
Era por demais evidente a possibilidade de abusos. Com o declínio dos cátaros, sua influência diminuiu, mas seu poder arbitrário e flexibilidade judicial encorajaram o uso da Inquisição contra todo e qualquer grupo hostil aos interesses do Papado, e sua reputação sofreu em consequência, por exemplo, das sórdidas ações empreendidas contra os Cavaleiros Templários na França, no início do século XIV, e contra os franciscanos espirituais. Mostrou-se impotente contra os posteriores movimentos reformistas dos séculos XIV e XV, mas foi reativada na Espanha por Fernando e Isabel, os Reis Católicos, que usaram a Inquisição mais ou menos como um braço centralizado do Estado. (DIM)