A natureza humana é o ponto médio ontológico entre Deus e o mundo, contendo em si os três princípios e as sete qualidades. Destinada a ser o microtheos, a representar Deus no mundo e para o mundo, a humanidade decaída não perdeu sua semelhança estrutural com Deus. Embora conformada à desordem do “espírito deste mundo”, a humanidade retém uma semelhança residual de Deus que, em contraste com seu status degradado, lembra-a de sua origem e de seu destino. Da mesma forma, a natureza humana decaída ainda é o microcosmo, representando a unidade do cosmos, uma vez que somente ela, dentre todas as criaturas, contém em seu próprio corpo algo de cada uma das qualidades em sua forma corpórea. Por um lado, como o próprio cosmos é decaído, a natureza humana participa plenamente da condição desordenada como uma marca de sua própria queda. Por outro lado, a humanidade está na posição única de ser o agente de sua restauração, de converter o mal em bem, uma vez que ela mesma tenha sido regenerada.
Às vezes, Boehme fala como se a distinção entre alma e corpo fosse um dualismo acentuado, como se apenas a carne estivesse caída. Isso é um descuido infeliz de sua parte, pois a consistência de seu pensamento exige que a natureza humana seja concebida como uma unidade ontológica. Apesar dessas aberrações gnósticas, suas melhores afirmações declaram que, pelo exercício do livre-arbítrio, uma pessoa produz desordem em sua alma, bem como em seu corpo. Entendido corretamente, o contraste interior-exterior em uma pessoa não opõe alma e corpo, mas opõe a imagem residual de Deus nessa pessoa à desordem nela como um organismo psicossomático neste mundo.
O papel da humanidade como microtheos e microcosmos é central para o pensamento de Boehme. Baseia-se no paralelismo estrutural entre Deus, a natureza humana e o cosmo, e explica a correlação do autoconhecimento humano com a percepção do mundo e o conhecimento da natureza de Deus. Na pessoa autoconsciente está a chave para o conhecimento de todas as coisas. Em seu pensamento e linguagem está a consumação da autorrevelação de Deus e a realização da criação.