Se Deus tem consciência de si mesmo, deve ser um objeto para si mesmo. Se Deus é um espírito vivo, deve ter um corpo, pois toda vida é orgânica, uma vida corporificada. Nossa tarefa agora é ver como o corpo de Deus é constituído. Esta natureza orgânica de Deus não é o mundo, pois Boehme rapidamente abandonou o panteísmo incipiente de Aurora. Embora se diga que o corpo de Deus é onipresente no mundo, Boehme enfatiza o fato de que nenhuma categoria ou limitação espacial é aplicável a ele. O ser de Deus é completo em si mesmo e independente do mundo.
A explicação da natureza ou essência orgânica de Deus retorna à antiga lista de sete qualidades ou poderes. A estrutura triádica do desejo é percebida como as três primeiras qualidades, que formam o centro escuro ou centrum naturae. A primeira qualidade é o poder de concentração ou contração em um único ponto. É a autoconcentração realizada do desejo e pode ser representada como força centrípeta. A segunda qualidade é o poder de expansão ou dispersão, tendendo ao infinito. É a fuga realizada do desejo de si mesmo e pode ser representada como força centrífuga. As duas primeiras qualidades são interdependentes e sua oposição polar se torna uma síntese turbulenta na qual se esforçam continuamente para substituir uma à outra. Essa síntese instável é, em si, a terceira qualidade, que é chamada de “angústia” e pode ser representada por uma roda. Boehme diz que essas três qualidades engendram umas às outras, o que significa que sua interdependência é um estado de oposição mútua, e suas relações não são realmente sequenciais. Todas as três juntas formam o centro escuro em Deus, uma tríade de poder bruto que carece de estrutura ou direção. É o “eu” em Deus, o poder tanto da vida quanto da destruição. Sem ele, Deus seria uma forma ideal imutável, em vez de um ser vivo.
O centro de luz em Deus consiste nas qualidades 5-7, outra tríade, que é o local do espírito real (incorporado, determinado). É a forma assumida pela vontade pura quando, por meio da interação com o centro escuro, se torna o ser orgânico de Deus. A quarta qualidade representa a relação de subordinação na qual a vontade domina eternamente os poderes do não-ser.
A quarta qualidade, chamada de fogo espiritual ou relâmpago (Schrack ou Blitz), é a força da vontade absoluta que estabelece controle total e eterno sobre a turbulência furiosa das três primeiras qualidades. Transforma seu poder bruto, potencialmente destrutivo, em energia dirigida e controlada. O relâmpago é a vitória eternamente alcançada por Deus sobre as forças do não-ser que estão dentro dele, transformando assim a potencialidade de sua destruição na fonte de sua vida.
No centro de luz, que é o ser orgânico realizado de Deus, a quinta qualidade é chamada de luz ou amor. É o poder tanto da unidade com o eu quanto da comunicação com o outro, ou seja, a unidade das tendências de concentração e expansão. A luz é um produto da transformação das três primeiras qualidades, o princípio ontológico da estrutura e da ordem. É a estabilidade positiva do ser de Deus.
A sexta qualidade, chamada som (Scholl ou Ton), é o princípio da determinidade, um corolário necessário da quinta qualidade. É um equilíbrio real de forças distintas, formado pelo “preenchimento” da quinta qualidade com a multiplicidade de energias derivadas da primeira tríade. Portanto, o ser orgânico de Deus consiste em dois aspectos, uma estrutura ou forma (a quinta qualidade) e uma multiplicidade de poderes reais (a sexta). Juntos, esses dois aspectos constituem a essência viva de Deus.
A sétima qualidade tem um status ambíguo, intermediário entre Deus e o mundo. Boehme a chama de “corpo” (corpus), uma harmonia de forças e o “céu incriado”. Um pouco como a sabedoria e a glória divinas no pensamento tradicional judaico e cristão, o céu incriado é distinguível de Deus porque é o local das formas preexistentes das criaturas que Deus cria. No entanto, é divino, porque é a glória ou o esplendor que Deus irradia. É coeterno com Deus, uma revelação concomitante com seu próprio ser, distinguindo-se claramente da criação que Deus deseja como uma autorrevelação adicional no espaço e no tempo.
O “jogo de amor” (Liebesspiel) dessas sete qualidades (poderes, espíritos, fontes) em interação harmoniosa constitui a divindade completa, organicamente realizada. A grande questão é a relação em Deus entre as sete qualidades, os três princípios e a Trindade. Não há como dizer exatamente qual é a resposta de Boehme, pois suas declarações são confusas e contraditórias. Alguns estudiosos (por exemplo, Martensen) acreditam que ele se esforçou para ser um teólogo trinitário, enquanto outros (por exemplo, Koyré) acham que o tema trinitário é acidental e inadequado em seu pensamento.