Uma outra metáfora que Boehme aplica à Criação é a da árvore. Na introdução de sua primeira obra, Aurora, Boehme descreve a árvore divina da natureza: Ela “brota” um novo galho ou folha para cada ser vivo na Criação. Ao mesmo tempo, a árvore de Boehme representa a história da salvação: “Cresceu no paraíso uma árvore de ambas as qualidades, do mal e do bem […] Essa mesma árvore […] tornou-se uma árvore na natureza e espalhou seus galhos do Oriente ao Ocidente” (Aurora, JBAN Prefácio 24-34). Em sua metáfora da árvore, Boehme combina as duas árvores mencionadas em Gênesis 2, a “árvore da vida” e a “árvore do conhecimento”. À primeira vista, essa combinação parece contraditória, pois, de acordo com a tradição, comer o fruto da árvore do conhecimento foi o que impediu os humanos de acessar a árvore da vida. Boehme resolve esse problema explicando que, na verdade, havia apenas uma árvore, que, no entanto, continha duas qualidades. De acordo com Boehme, Moisés falou de duas árvores simplesmente para enfatizar a vida eterna, por um lado, e “o furor da ira de Deus”, por outro. Os seres humanos são o “fruto” da árvore e podem ser bons ou maus, mas o Espírito Santo trabalha por meio da natureza e produziu muitas “pessoas razoáveis”, que “aprenderam a reconhecer Deus como seu Criador e que, com seus escritos e ensinamentos, sempre foram a luz do mundo”. A árvore da vida de Boehme também é uma árvore da ciência e do aprendizado, e escrever e ensinar são evidências de “bons frutos”. (JBAN, Prefácio 19).
O modelo de árvore de Boehme também pode ter sido inspirado por sua exposição ao misticismo judaico, que poderia ter conhecido diretamente, por meio de contato com judeus e textos judaicos, ou por meio de textos da chamada “Cabala cristã”, que eram transformações cristãs da Cabala judaica. A árvore que Boehme descreve em Aurora tem uma semelhança impressionante com a árvore simbólica das sefirot desenvolvida pelos místicos judeus para representar aspectos de Deus (figura abaixo). A árvore cabalística, assim como a árvore de Boehme em “Aurora”, retrata toda a Criação como um transbordamento do “corpo de Deus”. Na Cabala, as dez sefirot representam o corpo de Deus, e as três sefirot superiores representam a cabeça de Deus. Para os intérpretes cristãos, era fácil ver nesses três sefirot superiores a Trindade, enquanto os sete inferiores poderiam representar os “sete aspectos” ou “sete espíritos” de Deus da Bíblia — para Boehme, os “espíritos-fonte”. Além disso, de acordo com a Cabala, a própria Divindade surgiu de um En-sof escuro, literalmente o Un-Ground, que é obviamente muito semelhante ao Ungrund de Boehme. Na Cabala, assim como no sistema de Boehme, é a “Sabedoria” de Deus que dá origem física ao transbordamento de Deus em um mundo natural.
